第一階段：自早期的遷徙至大正三年（1914）。由今秀林鄉的山區逐次向東擴展，其後在和平溪（大濁水溪）下游及其支流北溪、立霧溪、三棧溪、木瓜溪中上游諸流域，建立了居住區域。
第二階段：大正三年（1914）至昭和六年（1931）。1914年太魯閣戰役底定後，在日人勸導與強制的雙重政策之下，開始進行部落的集團移住，迫使族人的部落遷離山區，移至日人指定的居住區域。此區域都在中央山脈脊嶺東方盡端下方的山麓，沿太平洋岸及台東縱谷的西側沿山一帶的地區。
第三階段：1931年起，日人鑑於霧社事件的發生，再次強制住於山區的部落移住，除了沙卡丹流域的沙丹丹（今大同）、哈魯閣臺（今大禮）、希拉岡三個部落，及金洋之部分住區已為日人規劃為蔬菜種植區以外，全部遷離山區移住於平原或下游河谷。
至戰後國民政府時期，東賽德克群的部落移動仍有八件以上，大體而言，多數部落由深山朝淺山、沿河流域及海岸地帶等區域移動（許木柱等 1995：28），亦有部分族人離開部落前往台灣各地都市討生活。

日據初期集體管理政策人口遷移

進入日治時代以後，日人基於殖民統治的考量，於1910年代中起大規模強制移住深山地區太魯閣族的各個部落，打散了原有部落，將不同部落融合成一個部落，衝擊原有的血緣、親緣的組成規則，形成以地緣為為結合原則的部落（參林恩顯、林顯宗 1991。日人對族人實施進行集團移住政策之後，住居家屋便不像以往如此的分散，而經常是在日警的駐在所及蕃童教育所等機構周邊，經過日人安排規劃，形成密集的住屋排列，此乃日人基於有效控管族人之理由（參李瑞宗 1998）。 

1914年的「太魯閣事件」

1906年8月1日花蓮泰雅族人「太魯閣蕃」十四社聯合襲擊日人賀田組為主的腦寮區，擊殺區內賀田組人員、日人腦丁、教員共30餘人，花蓮港支廳長警部大山十郎亦遇害，史稱「太魯閣事件」。事件起因於臺東廳長森尾茂助將理蕃事務改由警務課專管，政策轉向嚴密取締，並准許賀田組擴大樟腦事業侵入山區，終致引發太魯閣蕃社的反抗。此事件明顯改變了總督府綏撫的理蕃政策，隔年1月佐久間左馬太總督確立了五年理蕃計畫，對泰雅族屬的「北勢蕃」展開嚴厲取締的高壓手段，此後對太魯閣蕃社的討伐戰役不斷。1914年5月擔任討伐軍司令官的佐久間總督，率領配備總槍數約2800枝、各式火炮31門、機關槍8座、編制2萬餘人的軍警聯合部隊親赴蕃地，以優勢軍力對太魯閣蕃社展開全面性的戰爭，蕃社總兵力約3000人於山區與日軍激戰3個月，終因人數武力懸殊，8月下旬遭日軍鎮壓底定，此役被視為太魯閣戰敗的代表。此後，日本總督府實際執行其政治統治意志於太魯閣社會中，連年戰爭、集團移住、禁制舊習、灌輸日本文化等手段，摧毀太魯閣傳統社會文化甚鉅（參王學新 1997、1998；李季順 2001a、2001b、2003；高琇瑩 1996、1999、2000a、2000b；潘繼道 2000a等）。

外來宗教傳入

西方基督宗教在日治中期便已傳入太魯閣地區，花蓮太魯閣一帶是台灣「山地」部落中最早受到基督長老教會影響的地區，1924年時便出現第一位信徒Ciwang- Iwal（芝苑、姬望）（江天順 1965：373-378；邱韻芳 2004：99）。惟因日本政府的禁止，日治時期的傳教效果並不彰。至戰後，接受西方基督宗教的族人迅速增加，主要的教派包括基督長老教會、天主教、真耶穌教會等。

當代信仰基督宗教後，宗教領袖則為教會神職人員或長老，協商教會事務的進行。宗教領袖在族人的日常生活，甚至政治運動中，也可能扮演重要角色，如太魯閣正名運動發起初期，多由教會牧師為核心份子。

太魯閣族正名運動

太魯閣族正名運動的正式展開約在1990年代中期，由不同組織分別推動族群正名運動。1996年臺灣基督長老教會太魯閣中會及花蓮縣太魯閣建設協會分別舉辦了正名的相關研討會，且各自主張不同族名。教會系統主張以太魯閣族為名，建設協會乃主張包括西部族人的賽德克族為名，彼此意見不一。直到2002年九月，花蓮縣德魯固族文化發展協會再次舉辦正名研討會，並將之落實成立「太魯閣族正名促進會」，此後，開始建構以「太魯閣族」為族名的正名行動（李季順 2003：60-61）。另一方面，對於同為東部族人的teuda、tkdaya、truku三群對使用「太魯閣族」一稱彼此有不同意見，但在推動正名運動中，支持「太魯閣族」的族人立場，主要乃依據truku指的是發源地，而非人群名稱這層意義上，希望藉此含括三群人在同一族名之下（希雅格‧烏洛2004：76）。

縱使仍有在東賽德克中位居少數的tkdaya、teuda語群的部分族人，以及南投地區的部分西賽德克族人，對此正名運動抱有不同意見，「太魯閣族」終於在2004年1月14日，經行政院通過認定為台灣的第十二個原住民族（推動正名運動過程可參李季順 2003：47-78；希雅格‧烏洛 2004）。